Ngày 18 tháng 2 năm 2007, công an khám xét nơi ở của Linh mục Nguyễn Văn Lý tịch thu 200 kg tài liệu mà họ báo cáo rằng đó là những tang vật tuyên truyền chống chính quyền Việt Nam[cần dẫn nguồn]. Họ cũng đã thu giữ 5 máy tính xách tay, 1 máy tính để bàn đang kết nối Internet thông qua máy điện thoại di động. Ngoài ra, còn thu được 7 điện thoại di động, 136 sim điện thoại cùng nhiều phương tiện khác mà Nguyễn Văn Lý dùng để in ấn, phát tán. Nguyễn Văn Lý bị khởi tố với các tội danh "phá hoại chính sách đoàn kết" (Điều 87 BLHS), "tuyên truyền chống phá Nhà nước CHXHCNVN" (Điều 88 BLHS) và "không chấp hành án" (Điều 304 BLHS).

Ngày 30 tháng 3 năm 2007, tại Huế, Tòa án nhân dân tỉnh Thừa Thiên-Huế đã mở phiên tòa xét xử Nguyễn Văn Lý về tội "tuyên truyền chống Nhà nước Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam" quy định tại Khoản 1, Điều 88 - Bộ luật hình sự của Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam và tuyên phạt Linh mục Nguyễn Văn Lý 8 năm tù giam và 5 năm quản chế tại nơi cư trú sau khi mãn hạn tù. Trong phiên tòa này không có mặt luật sư biện hộ[2].

Khi ra tòa, Nguyễn Văn Lý tỏ thái độ bất hợp tác, không chịu vào phòng xử, và đã bị các nhân viên an ninh lôi đi.[cần dẫn nguồn] Sau đó, Nguyễn Văn Lý còn tỏ thái độ chống đối rồi đạp vào vành móng ngựa và khi Nguyễn Văn Lý bắt đầu lên tiếng: "Đả đảo cộng sản Việt Nam...", một nhân viên an ninh mặc thường phục đã lấy tay bịt miệng Nguyễn Văn Lý lại. Chủ tịch nước Việt Nam Nguyễn Minh Triết trả lời phỏng vấn[3] hãng truyền hình CNN cho rằng trong lúc xét xử ông Lý có những lời lẽ thô bạo, chửi bới chính tòa nên đã xảy ra chuyện bịt miệng nhưng hành động này là không tốt, không đúng, là sai sót của một nhân viên bình thường không phải là chủ trương của nhà nước và việc này sẽ bị xử lý.